1.发生的事由不同
普通清算一般是在解散事由出现后由公司自行组织进行的清算。根据公司法的有关规定,公司解散的原因包括:公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现;股东会或者股东大会决议解散;因公司合并或者分立需要解散;依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销;人民法院依照公司法处理公司僵局的有关规定予以解散。在公司解散的一般情况下,只要能进行清算的,首先适用普通清算程序进行清算,只有在特定情形下，方可适用特别清算程序进行清算。
在此需加以说明的是,所谓“特定情形”通常是指在特别清算事由发生之时。具体而言,一是普通清算发生显著障碍时,即清算的实行遇有法理上或者事实上显著障碍，无法依清理方针顺利完结清算。法理上的障碍,是指债权人已获得执行名义,对公司的财产已进行强制执行查封程序,或者公司部分财产已非公司占有,无法处分等事由。事实上的障碍,是指如处分公司财产无法变现、乏人问津、或者公司财产已经消灭且无损害赔偿请求权者等事由。二是公司负债有超过公司资产有不实的嫌疑时。只有在上述两种情况之一发生时,才导致特别清算的发生。
2.启动程序的主体不同
在适用普通清算程序的情形下,公司的清算过程大多处于常规状态,较少牵涉利益相关者之间的纠纷或冲突,因此，普通清算由公司权力机关自行决议启动。
适用特别清算程序的情形下,公司清算的整个过程往往伴随着诸多主体之间的利益冲突及对其的化解或平衡,相对于普通清算而言,其对清算程序的要求自然就更为严苛了,所以,特别清算必须由公司,以及公司的股东、债权人、清算人、监察人等向法院或者行政机关申请启动,或者由法院依职权启动。
3.清算人的选任方式不同普通清算原则上是公司自行选任清算人(法定清算人除外)。而特别清算则由法院或行政机关指定清算人。
4.司法干预程度不同
普通清算原则上是公司自主清算,法院一般情况下不做监督(即使监督也是消极监督,如选任、解任清算人等),清算事务完全通过公司自治完成。特别清算中特别注重司法权的行使,这主要表现在:
(1)除清算以外的其他法律程序均被停止。特别清算一旦开始,对公司的破产、和解及强制执行程序当然中止。由此可见,特别清算具有破产清算的一些特征。
(2)财产保全。在特别清算开始前或进行中,法院为保全公司财产的需要,基于当事人的申请或依职权,可以采取保全措施,如,记名式股份转让的禁止,发起人、董事、监察人、经理或清算人责任解除的禁止。
(3)纠正不当行为。法院可以随时命令清算人提供清算事务及财产状况报告、进行其他清算监督上必要的调查,并可以依利害关系人申请或依职权要求清算人纠正其不正当行为。
(4)法院有职权确认债权人会议的有关决议。
⒌债权人参与程度不同
普通清算过程中,因为债权人的利益是有保障的,债权人对清算过程并无兴趣,因此,债权人一般并不参与。
特别清算是因普通清算遇到了显著障碍,或债务超过资产有不实之嫌时,在特殊情况下适用的清算程序。特别清算程序中更加注重对债权人利益的保护,具体表现在,在特别清算程序中,清算人认为必要时可召集债权人会议,占列人清算债权总额1/10以上的债权人也可以请求召集债权人会议。如果债权人会议召集程序未立即进行,债权人可以请求法院准许自行召集。有关股东会召集的程序准用于债权人会议。债权人会议的表竦方法准用破产法的有关规定。债权人会议的职能主要体现在三个方面:(1)对清算事务的表决权。清算人应向债权人会议提交公司业务及财产状况调查书、财产目录及资产负债表,并就清算实行方针及情况陈述其意见。债权人会议有权对清算人提交的上述资料进行审议,并就清算事项依债权数额的多少按照资本多数的方式予以行使。在公司财产的处分、起诉、达成和解或仲裁协议、放弃权利等重大事项上,清算人原则上应征得债权人会议的认可。(2)对清算事务的监督权。债权人会议对清算人所进行的清算事务当然地行使监督职能。为了使对清算人的清算事务监督更加有效,债权人有权选择监理人(日本公司法称为监察委员)对清算人实施监督,规定监理人的职责。清算事务的执行应征得监理人的同意。(3)债权人会议作为清算机关之一,可以与公司达成协议,并经无优先受偿权或别除权的债权人行使表决权后,以一定比例的表决数通过协议。
6.清算人的职权不同特别清算中清算人的职权与普通清算的相比受到了较多的限制。
7.清算的机关不同特别清算的机关除清算人外,还有债权入会议、监理人和检查人。
8.公司特别清算的费用，包括公告费、信件邮寄费、通讯费、办公费、差旅费、财产保管费、 评估拍卖费、聘请中介机构人员报酬、聘用清算工作人员工资等。清算费用由公司承担，这自无疑问。但是，由于特别清算是由债权人申请而发动的，在被申请的公司不能提供公告费、信件邮寄费、办公费、聘请中介机构人员报酬、聘请工作人员工资等清算启动资金时，应当由提出申请的债权人垫付，待公司的财产拍卖后，作为公司公益债权，优先偿还。
