（一）极大损害农民的合法权益　
目前土地征用中存在的种种问题，不仅牺牲了农民的当前利益，而且还损害着农民的长远生计。据国土资源部资料显示，改革开放以来，政府利用低价征地高价出让的方式，从农民手中拿走的资金约为2万亿元。当前，在征地过程中所采取的只给失地农民发一点安置补助费的做法，造成大批“种田无地，上班无岗，低保无份”的“三无”游民。特别是一些年龄偏大、文化程度不高、缺乏劳动技能的纯农业户，成了打工没人要，经营无门路，办厂缺本钱，生活无保障的赤贫户。农民的贫困不仅使农民丧失购买力，不能成为真正的市场主体，反而成了被救济的对象。　
勿庸讳言，我国的工业化进程长期以来是建立在工农剪刀差的基础之上的。当前正是对农业进行反哺的时候了。而且，增加农民收入、缩小城乡收入的差距也正是当前解决三农问题，摆脱经济疲软的关键所在。然而，当前征地补偿的做法却是在让农民继续承担经济发展的成本，继续拉大城乡收入差距。况且，土地是农民的命根子，土地补偿款是农民失去土地后的替代“土地保障”的“货币保障”，不仅是农民失去土地后从事其他产业的资金基础，还是失地农民生活保障的惟一资本。然而，当前的土地升值本身对农民不仅毫无意义可言，甚至因此落入了无依无靠的尴尬境地。　
（二）严重影响耕地保护　
我国耕地少而且还在减少，人口多而且还在增加。如果不对耕地进行严格保护，我国人口与资源的矛盾将更加尖锐。而且，耕地的持续减少必然威胁到国家的粮食安全。我国正处于工业化、城镇化加快发展时期，从国外的经验教训来看，正是耕地减少最快的时期。现在农地征用中的问题总体来讲不是征地不够影响经济社会发展，而是占地过多、过滥以及使用不合理的问题。　
（三）阻碍了市场经济的健康发展　
首先，农民贫困影响经济的健康发展。没有农村的现代化就没有中国的现代化。如果说农民的贫困成了经济发展的包袱的话，那么，农业的落后拖了中国工业化的后腿，农村的落后拖了中国城市化的后腿。　
其次，政府利用土地征用低征高卖，与农民争利，垄断财富，危害极大。即使在封建的小农经济时代也要让农民休养生息，藏富于民。市场经济时代更应如此。土地增值完全由国家垄断，不仅不利用市场配置资源，调节分配，而且极大地影响了农民增收，最终也必然会影响到经济的持续健康发展。　
再者，土地供给普遍不足，地价过高制约经济发展。如前所述，在大城市目前由于行政控制的不合理、不规范，土地供给普遍不足。结果地价过高，严重的阻碍着房地产市场的发展。　
（四）严重危及社会稳定　
滥征耕地现象早已引起了农民的不满，近几年则愈发严重，尤其是在一些地方，以极低补偿从农民手中征走的土地却被政府转手牟利，或者被企业荒芜闲置乃至倒卖土地牟取暴利、贪污腐败等现象，更是引起老百姓的愤慨，伤害了党和政府与人民群众的关系。近几年，因征地引起的信访案件和诉讼案件激增，引发大量群体性上访事件甚至恶性事件。　
特别不容忽视的是，大量征地造成了大量的流民。据专家分析，按照目前城市化和基础设施建设的速度，我国今后每年建设用地需要250万亩到300万亩。如果按照城郊农民人均1亩耕地推算，就意味着每年大致又有250万到300万的农民失去土地。而这些失地农民中，今后生活能得到基本而有效保障的只是很小的一部分，大量游民的产生便不可避免。中外历史都表明，流民的大量增加乃是社会稳定乃至政治稳定的第一大忌。