《土地管理法》第44条第1款规定：“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。”这是农用地转用审批程序的基本规定。此条款仅规定了农用地转用审批适用的条件，但并没有明确行使审批权的主体。中国各地的实际情况千差万别，“一刀切”的规定虽然有助于国家政令统一，但实际效果往往不尽如人意，虚置国家层面上的“统一规定”情形时有发生。所以《土地管理法》对于农用地转用审批权采用了中央与地方、上级与下级政府之间适度分权的控权模式：
(1)国务院审批权。在涉及农用地转为建设用地时，由国务院行使审批权的情形有：第一，省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目；第二，国务院批准的建设项目占用土地。 第1种情形属于“中央对地方”或者“上级对下级”政府之间的法律监督，与《宪法》、《组织法》规定相一致。第2种情形属于国务院“自我监督”或者“自我慎思”，其实际效果取决于国务院自我拘束程度的宽严。由于在当下行政体制中已无更高层级的审批主体，且又没有比较有效的横向控权机制。所以，这样的制度设计实效性总是令人产生合理怀疑。当然，如果配套实施一个良好的国务院内部分权机制，可能会减缓这个制度某种先天缺陷所产生的弊病。
(2)市、县政府审批权。在已经批准的土地利用总体规划内将农用地转为建设用地，由原批准土地利用总体规划的机关按土地利用年度计划分批次批准。在已批准的农用地转用范围内，市、县政府有权审批具体建设项目的用地。 市、县政府审批权行使有两个法定条件：第一，存在一个已经过合法审批的、分批次的土地利用年度计划。第二，存在一个具体建设项目需要用地。由于市、县政府与土地使用者关系“密切”或者它本身可能就是一个“土地使用者”，所以，为其审批权行使设置较为严格的法定条件是十分必要的。
(3)省级政府审批权。除国务院和市、县政府审批的建设项目用地外，其他建设项目用地审批权由省级政府行使。 省级政府居于国务院和市、县政府之间，在法律地位上具有特殊意义。它既要执行国务院的决定与命令，又要顾及到地方利益，由它来行使其他建设项目的用地审批权，可以兼顾各方的利益增长，协调中央与地方的利益冲突。